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1. 사실관계
○ 당사는 아파트를 신축하여 분양 사업을 영위하고자 하는 법인으로 현재 아파트 사업부지 매입 진행 중에 있음
○ 아파트 사업부지 매수와 관련하여 A법인 소유의 부동산(토지와 그 부속건물)에 대하여 매도자(A법인)・매수자(당사)간 합의에 따라토지가와 건물가를 매매계약서에 구분 표시하여 2014년 11월 일괄구입 매매계약을 체결함
○ 매매계약서에 구분 기재된 토지가액과 건물가액을 정함에 있어 매도인과 매수인은 특수관계자가 아니며, 매도인은 물류유통업체로서 본 건물이 노후화되고 물류창고의 기능을 다 할 수 없어 인근에 새 물류창고를 신축하여 이전하였고 본 건물은 일부 창고기능만 유지하고 있음
○ 당사는 아파트 신축 사업부지로 사용하고자 본 부동산(토지와 그 부속건물)을 취득하는 것이므로 본 건물은 구입 후 전혀 사용계획이없으며 아파트 사업부지 매입이 종료됨과 동시에 건물철거가 예정되어 있음
○ 본 건물의 철거소요비용은 1억원 가량 예상되며, 매도자의 장부가액은 25백만원이며, 이러한 제반사정등을 감안하고 매도자와 매수자의 경제적 합리성을 고려하여 건물가액은 1억원으로 하고 나머지는 토지가액으로 하여 매매계약서에 구분 표시함
2. 질의내용
○ 토지와 그 지상건물을 일괄양도하면서 당사자 간 건물가액을 1억원으로 구분 기재하고 세금계산서를 발급한 경우 과세표준 산정이 정당한 것인지 여부
3. 관련법령
○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】
⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.
○ 부가가치세법 시행령 제64조 【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】
법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 건물등 이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 기준시가 라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(안분) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액
○ 법규부가2012-492, 2012.12.24
부동산임대업을 영위하던 자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 일괄양도하면서 계약서상에 토지 및 건물가액을 구분표시 하되, 건물가액은 없는 것으로 하고 양수인 부담으로 양도받은 건물을 철거하기로 한 경우로서, 매매계약 체결 당시 건물철거가 예정되어 있고, 실제 철거 진행 중에 있으며, 계약서에 구분표시된 건물의 가액(0원)이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 해당 건물 등의 공급가액은 「부가가치세법 시행령」 제48조의2 제4항 본문에 따르는 것임
다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분
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